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La retravailler en changeant le fond et en choisissant
une couleur par chaîne suivant le tutorial "travail
d'une molécule".
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Pour faire apparaître les liaisons hydrogènes
il faut cliquer sur "Bonds", "H bonds" puis "type"
et enfin "cylinder" pour les faire apparaître sous
forme de bâtonnets. La forme "Dash" permet de faire
apparaître les liaisons sous forme de pointillés.
Une fenêtre apparaît pour demander l'épaisseur
de la liaison.
Choisir une valeur entre 1 et 250.
En regardant de plus près on remarque des
laisons intra-chaînes et des liaisons interchaînes.
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Liaisons hydrogène plus chaîne
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Ensuite en faisant "Crtl+A" on sélectionne
l'ensemble de la molécule. On fait ensuite disparaître
cette dernière et seules les liaisons restent en place. Cela
montre le "spectre" des liaisons hydrogène qui se
superpose parfaitement à la structure 3D de la molécule.
On peut donc dire que les liaisons de faible énergie comme
les liaisons hydrogène déterminent la structure 3D d'une
molécule.
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Liaisons hydrogène seulement
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Pour faire apparaitre les liaisons covalentes S-S
il faut cliquer sur "Bonds", "S bonds" puis "type"
et enfin "cylinder" pour les faire apparaitre sous forme
de bâtonnets.
Une fenêtre apparaît pour demander l'épaisseur
de la liaison.
Choisir une valeur entre 1 et 250.
En regardant de plus près on remarque des
laisons intra-chaînes et des liaisons interchaînes.
En réalisant la même démarche
que l'étape 3 on peut mettre en évidence le "spectre"
des liaisons disulfures.
Cela montre que le "spectre" des liaisons disulfures se
superpose parfaitement à la structure 3D de la molécule.
On peut donc dire que les liaisons disulfures déterminent la
structure 3D d'une molécule.
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Pont disulfure plus chaîne
Pont disulfure seulement |
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Mais entre quels atomes se font les liaisons disulfures
?
Il suffit de zoomer vers un pont disulfure.
Ensuite choisir l'icône "selecteur de groupe". Choisir
le groupe à sélectionner.
Enfin déterminer le type de représentation.
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Pour mettre les atomes dans leur couleur conventionnelle,
il suffit de sélectionner le groupe d'atomes (si ce n'est pas
déjà fait) cliquer dans "atoms" puis "Color"
et "CPK".
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Pour labelliser les atomes impliqués dans
la liaison il suffit de cliquer sur l'icône en forme de drapeau,
puis pointer l'atome que vous souhaitez labelliser.
Pour changer la couleur du texte il suffit
de selectionner "labels" dans la palette de couleur et choisir
une couleur plus visible.
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Liaisons hydrogènes de l'IGG
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Chaîne protéique IGG
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Liaisons S-S de l'IGG
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Les liaisons de la structure 3D
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