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ISIS DRAW		http://www.mdli.com/downloads/index.jsp Vous devez vous enregistrer avant de pouvoir télécharger le logiciel. Essayer : ISISDRAW2.4 et le fichier d'aide à partir du site : (http://www.htu.tugraz.at/chemie/Isisdraw.htm)
CHEMSKETCH		ChemSketch est téléchargeable au site http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/ .
CHIME		http://www.dgpc.ulaval.ca/bio90192/chap2/chime2.htm Modélisation 3D sous Chime, avec des fichiers de molécules.
RASWIN - RASMOL		http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/html/rasmol.htm Raswin est un logiciel de modélisation et de visualisation de molécules en 3D.
RASTOP		http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm Logiciel de modélisation de molécules dérivé de RasMol.
CHEMDRAW		Sur le site de ChemStore
C-DESIGN		http://www.ch.tum.de/oc1/EFontain/C-Design/
COMPUCHEM		http://www.compuchem.de/
COSMOS		http://www2.uni-jena.de/chemie/cosmos/ce_prod.html
DIVERS		http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html Molecular Visualization Freeware à la National Science Foundation. http://dmoz.org/Science/Chemistry/Software/Structural/Drawing/ http://www.chemlin.de/chemie/software.htm

Essayer aussi le lien : http://wwwusers.imaginet.fr/~dhirou/chime/chime.html

RASWIN - RASMOL

De nombreuses molécules ont déjà été modélisées pour ce logiciel, leur extension est ".pdb", vous pouvez vous en procurer aux liens suivants :

Protein Data Bank : Gélose au sang. Base : http://www.rcsb.org/ ou essayer http://www.pdb.org/pdb/Welcome.do
tapez par exemple "1HEW" dans le champ de recherche pour accéder au fichier correspondant au lysozyme avec un analogue de substrat.

http://crpp0001.uqtr.uquebec.ca/COR/molecule.html Site québécois, modèles moléculaires en format .pdb

Des applications pédagogiques ont été développées par des collègues de SVT :

lysozyme.htm Application pédagogique en 1ère S autour du lysozyme (notion de site actif).
http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/html/rasmol.htm Site de l'INRP, avec un certain nombre de ressources en ligne.
http://www.ac-creteil.fr/svt/rasmol/rasmol.htm Activités de modélisation moléculaire, quelques conseils et liens concernant l'usage de Rasmol en SVT.

Quelques lignes de commande intéressantes sous Raswin :

voir la page http://www.ac-bordeaux.fr/Pedagogie/SVT/lysozyme.htm pour un certain nombre de commandes simples appliquées au lysozyme et à un analogue de substrat ("NAG").

Commandes additionnelles :

"select asp" : sélectionne les résidus d'acide aspartique par exemple, applicable aux autres acides aminés.
Faire suivre la représentation précédente de "color green" par exemple, pour colorier en vert la sélection. Exécuter cette ligne de commande en représentation "Afficher, bâtonnets" et "Colorer, chaîne, segment", puis changer de représentation (par exemple : "Afficher, sphères").

Couleurs prédéfinies : blue, black, cyan, green, greenblue, magenta, orange, purple, red, redorange, violet, white, yellow.

En cliquant sur une partie de molécule, il apparaît dans la fenêtre "principale" le nom de la molécule sélectionnée (par exemple : "ARG125"), cela peut permettre par tâtonnement de localiser précisément les acides aminés constitutifs du site actif d'une enzyme et de les mettre en évidence avec une couleur particulière et une représentation différente du reste de la protéine.

ABZYMES :

1C5B Decarboxylase Catalytic Antibody 21D8 Unliganded Form

1C5C Decarboxylase Catalytic Antibody 21D8-Hapten Complex

Structure de l'ADN :