• Objectif : préparer un fichier de molécule exploitable avec les élèves.
• Outils : utilisation du logiciel RasTop, version française, téléchargeable sur le site de l'INRP (gratuit).

Certains fichiers de molécule comportent plusieurs chaînes ou plusieurs modèles alors qu'un seul est nécessaire pour l'exploitation en classe. Nous allons voir comment supprimer les données inutiles et obtenir une molécule simplifiée utilisable dans RasTop.

Nous prendrons comme exemple le fichier 1D7G : "A model for the complex between the hypoxia-inducible factor-1 (HIF-1) and its consensus DNA sequence". Il s'agit donc d'un complexe entre un facteur de transcription et la portion d'ADN correspondante limitée à 14 paires de bases.

La molécule d'ADN généralement utilisée avec les élèves est 1D29, mais elle comporte un défaut, la séquence est palindromique :
CGTGAATTCACG
GCACTTAAGTGC
Comme en plus RasTop présente toujours les séquences dans le sens 5' --> 3', elles sont tête-bêche, ce qui donne :
CGTGAATTCACG
CGTGAATTCACG

La séquence de la portion d'ADN de la molécule 1D7G ne présente pas ce problème :
GCCCTACGTGCTGC
GCAGCACGTAGGGC
Mais il faut éliminer le facteur de transcription.

La molécule 1D7G avant édition, coloration par chaîne, partie protéique en rubans, partie nucléique en sphères VDW

Afficher le fichier de molécule : menu "Molécule", "Fichier de molécule".

Fichier de molécule 1D7G

Placer le curseur au début de la 3^ème ligne devant "CAVEAT"
Utiliser l'ascenceur pour aller au niveau de la première ligne qui décrit les atomes appartenant à la molécule d'ADN, maintenir la touche "shift" (majuscule) appuyée et cliquer au début de la première ligne de l'ADN. Toute la partie protéique de la molécule est sélectionnée.

Molécule 1D7G, tous les atomes de la partie protéique sont sélectionnés

Appuyer sur la touche "Suppr" pour éliminer tous les atomes de la partie protéique de la molécule.

Tous les atomes de la partie protéique ont été supprimés

Cliquer sur exporter, nommer le fichier, par exemple adn.pdb et enregistrer. Fermer la fenêtre de séquence.
Ouvrir le fichier adn.pdb dans une nouvelle fenêtre (Menu "Fichier", "Nouveau", puis "Fichier", "Ouvrir", choisir adn.pdb).

La molécule 1D7G après édition, coloration par chaîne, ADN en sphères VDW

L'axe de rotation a été automatiquement repositionné pour correspondre à la nouvelle séquence.

On peut utiliser la même méthode pour ne conserver qu'un modèle d'un fichier qui en comporte plusieurs.