Consurf permet de colorer automatiquement les acides aminés d'une protéine en fonction de leur degré de conservation d'une séquence à l'autre. Pour ce faire, Consurf recherche dans les banques de données en ligne des séquences voisines de celle de la molécule qu'on lui soumet au départ. Ces séquences peuvent appartenir à la même espèce ou à des espèces différentes.

Pour utiliser Consurf on doit posséder le fichier de la molécule que l'on veut étudier au format pdb ou au moins connaître son identifiant pdb. Ce code à 4 caractères est utilisé pour nommer une molécule. Par exemple le fichier 3cpa.pdb correspond à la carboxypeptidase bovine. Il est aussi nécessaire de connaître le nom de la chaîne que l'on veut comparer. Ouvrir le fichier pdb dans Rastop. Choisir "Atomes, Colorer par, Chain".
La molécule montre l'enzyme et son substrat représenté par un dipeptide.
Passer la souris sur chacune des chaînes et lire les indications dans la barre d'état en bas à gauche. Ici on peut voir que la chaîne du substrat (en rouge) est nommée S. Si on fait la même chose sur la chaîne de l'enzyme (en bleu), aucune indication n'apparaît. Cela signifie que la chaîne principale n'a pas été nommée.
Aller sur le serveur Consurf : http://consurf.tau.ac.il/index.html. Dans la case "PDB ID", entrer l'identifiant de la molécule. Dans la case "Chain Identifier", taper le nom de la chaîne ou none si elle n'est pas nommée. Cliquer en bas de page sur "Submit". Une nouvelle page s'ouvre. Si la requête est valide, il faut patienter quelques minutes jusqu'à ce qu'apparaisse "FINISHED" en haut de page. Cliquer sur le lien "RasMol coloring script source" en bas de page. Une nouvelle fenêtre s'ouvre : elle contient un script. Sélectionner et copier l'ensemble du script.
Revenir dans RasTop et choisir "Editer, Commande". Coller le script dans la fenêtre de commande et cliquer sur OK.
La molécule apparaît avec en sphères et avec des couleurs qui correspondent au degré de conservation des acides aminés.
Afficher le substrat en sphères, colorer en jaune, faire tourner la molécule de manière à visualiser le site actif et le substrat.

Si vous avez Chime installé sur votre ordinateur :

• vous pouvez visaliser directement le résultat dans votre navigateur en cliquant ici.
• un autre exemple permet de montrer que dans la myoglobine, les acides aminés qui entourent l'hème sont beaucoup moins variables que ceux situés en périphérie de molécule. Voir cet exemple.
• le même travail peut être appliqué aux immunoglobulines afin de visualiser les parties variables des chaînes lourdes et légères. Voir le résultat.