Traitement des données dans Angène

Ces molécules ont été regroupées dans un fichier qui s'ouvre dans Anagène, globines.edi.
Si le clic gauche ouvre le fichier, faire un clic droit pour le télécharger. Si après téléchargement le fichier a une double extension .edi.txt enlever le .txt dans l'explorateur de Windows.

L'ordre qui a été choisi est l'ordre décroissant de longueur des molécules ce qui permet d'éviter des erreurs dans le dénombrement des différences.
Faire un alignement avec discontinuités de toutes ces molécules.

La ligne traitement est pointée par défaut, lire les informations sur la ligne pointée (touche F2).
On a alors le nombre d'acides aminés de la première molécule (au début, la myoglobine) puis, pour chaque molécule, le nombre d'acides aminés identiques à la molécule de référence ce qui, par soustraction, donnera le nombre de différences. Collecter le nombre de ces différences pour chaque molécule.

Les informations données par la ligne Identités montrent que, si le nombre d'acides aminés identiques ne représente qu'environ 12% lorsque toutes les molécules sont alignées, ce pourcentage passe à 23 lorsque l'on élimine la myoglobine, ce qui révèle une certaine proximité de la structure primaire de ces molécules.

Changer de molécule de référence en supprimant la première (sélectionner la ligne et presser la touche suppr, c'est alors la molécule epsilon qui devient la référence. Recommencer l'alignement avec discontinuités de toutes les molécules et noter le nombre de différences avec la nouvelle référence. Et ainsi de suite jusqu'à la dernière molécule.
Ces chiffres seront notés dans un tableau (attention de mettre des espaces et non des tabulations) qui sera enregistré au format texte avec l'extension .mat dans le répertoire Evolmol où il constituera une matrice. Il ne doit pas y avoir de ligne vide au-dessous de la dernière ligne de la matrice.
Voici le fichier globines.mat (clic droit pour télécharger, attention à la double extension) :

La première ligne commence par # ce qui permet à Evolmol de l'interpréter comme un commentaire.
La police "Courrier New" (police à chasse fixe) a été choisie pour bon alignement des chiffres.