Le fichier modèle.edi téléchargeable va permettre de construire un fichier qui sera lu par Anagène. Attention toute faute de syntaxe empêchera l'ouverture du fichier, il faut donc suivre scrupuleusement les instructions que ce fichier contient. Il est en lecture seule, il faut enregistrer le travail sous un autre nom.

Les séquences préalablement mises en forme, seront collées dans le modèle et ordonnées dans le sens décroissant de leur longueur.
Enregistrer ensuite ce fichier au format texte dans le dossier Sauve d'Anagène. Dans l'explorateur changer l'extension .txt en .edi.

Dans le logiciel Anagène, cliquer sur le menu Fichier puis Ouvrir et sélectionner le fichier de travail .edi précédent. Sélectionner toutes les séquences et faire une comparaison en choisissant Alignement avec discontinuités.
Dans la fenêtre de comparaison, la ligne pointée est celle du traitement. Choisir Afficher les informations sur la ligne pointée. On aura alors la longueur de la chaîne de référence et le nombre d'acides aminés ou nucléotides identiques à cette référence pour chacune des autres séquences. Par soustraction, on aura le nombre de différences. Ces informations constitueront la première colonne de la matrice de distance.
Supprimer la première séquence, afin de prendre la seconde comme référence et remplir la deuxième colonne de la matrice. Recommencer l'opération jusqu'à la dernière séquence.

Ecrire la matrice dans un traitement de texte sous la forme suivante :