Les séquences, préalablement formatées comme pour leur utilisation dans Anagène, sont regroupées dans un même fichier avec le nom précédé du signe > sur la première ligne et la séquence dans le code une lettre à la ligne suivante comme suit :

>rat
MDYYKRYAAVILVMLSMFLHILHSLPDGDFIIQGCPECKLKENKYFSKLGAPIYQCMGCCFSRAYPTPARSKKTMLVPKNITSEATCCVA
KAFTKATVMGNARVENHTECHCSTCYYHKSMMKSIQLCILLWCLRAVCCHSCELTNITISVEKEECRFCISINTTWCEGYCYTRDLVYKD
PARPNTQKVCTFKELVYETIRLPGCARHSDSLYTYPVATECHCGKCDSDSTDCTVRGLGPSYCSFGEMKE
>souris
MDYYRKYAAVILVMLSMFLHILHSLPDGDFIIQGCPECKLKENKYFSKLGAPIYQCMGCCFSRAYPTPARSKKTMLVPKNITSEATCCVA
KAFTKATVMGNARVENHTECHCSTCYYHKSMMKLIQLCILFWCWRAICCHSCELTNITISVEKEECRFCISINTTWCAGYCYTRDLVYKD
PARPNTQKVCTFKELVYETVRLPGCARHSDSLYTYPVATECHCGKCDSDSTDCTVRGLGPSYCSFSEMKE

Le fichier sera enregistré au format texte et l'extension .txt sera remplacée par .pir dans l'explorateur de windows. Ce fichier alphbetafsh.pir est téléchargeable par un clic droit, attention, s'il s'enregistre avec une double extension .pir.txt supprimer le .txt dans l'explorateur de windows.

Phylogène ouvre ce fichier comme un tableau de molécules non alignées, il suffit ensuite de faire aligner les molécules pour voir la matrice puis de faire tracer l'arbre.

Voici l'arbre obtenu avec les deux chaînes de la FSH mises bout à bout et avec la méthode NJ (Neighbor Joining) :