Traitement d'images numériques

A partir d'images (satellitales) en nuances de gris, constituer des images colorées en utilisant le logiciel TITUS.

On dispose de:

• Titus, installé,
• Un logiciel de traitement d'images numériques (type Photoshop, Paintshop,..),
• Des images satellitales récupérées sur Internet (images au format .jpg ou .gif),
• Eventuellement, un logiciel de capture d'écran.
• NB: cette fiche ne constitue pas un mode d'emploi du logiciel Titus; les fonctions de constitution de compositions colorées à partir d'images satellitales dans différents canaux ne sont pas abordées.
• Les menus de Titus affichés (sur fond noir) sont obtenus par capture d'écran.

• 1ère étape: Constituer une image .img, utilisable par Titus

1-Disposer d'une image bit-map, retournée et mesurée en pixels:

L'image récupérée est souvent au format .jpg ou .gif. Ce format d'image, en nuances de gris, est converti à l'aide du logiciel de traitement des images au format bit-map (.bmp) récupérable par Titus. L'image source (.bmp) doit être retournée (rotation de 180° + symétrie verticale) pour être utilisée sous Titus. Enfin, il sera nécessaire, pour le traitement ultérieur, de connaître les dimensions en pixels de l'image. Pour celà, utiliser la fonction du logiciel de description de l'image et noter le nombre de lignes (nombre de pixels verticaux) et le nombre de colonnes (nombre de pixels horizontaux) constituant l'image. Sauvegarder cette image dans un répertoire du disque dur.

Exemple:

Image originale	Image retournée et convertie en nuances de gris et au format .bmp	NB: les images ci-contre ont été remise au format .gif pour cet affichage sur internet.

Remarque : si le logiciel de traitement des images propose le format Brut (c'est le cas de PaintShopPro, Photoshop, etc), il est préférable de convertir l'image dans ce format (extension : raw), ce qui évitera l'étape de retournement de l'image. Les autres étapes sont identiques à celles décrites ci-dessus.

 

2-Convertir, sous Titus, l'image bit-map en image .img:

• lancer Titus, choisir Image /Gestion des images/Convertir image autre format
  • Choisir dans Types de fichiers: BSQ(*.*). Choisir le répertoire contenant l'image source (.bmp).
  • Remplir: taille de l'entête / nombre de lignes / nombre de colonnes
    • le nombre de lignes et le nombre de colonnes correspondent aux valeurs relevées sur l'image .bmp avec le logiciel de traitement d'image.
    • l'entête est normalement = 0 mais, si après obtention de l'image celle-ci est partagée, décalée, ou déformée, c'est qu'il faut donner une valeur à l'entête (cette valeur ne peut se déterminer qu'empiriquement)
    • exemples:

      	A1200v_(mois)99	image38	chrom_droso
      entête	480		130
      lignes	600	137	296
      colonnes	600	127	476

  • caractéristique de l'image à créer: donner un nom (c'est le nom sous lequel l'image Titus avec toutes ses caractéritiques sera enregistrée dans le répertoire spécifique Titus (impossible de changer). Valider.
  • donner le nom du canal de prise de vue de l'image (visible, infra-rouge, autre fenêtre)
  • (Titus traite les lignes de l'image).
• Faire ensuite Image / Choisir image / choisir l'image crée par Titus dans le répertoire spécifique qui doit s'ouvrir automatiquement. L'image ne s'affiche pas.
• Demander: Image / Choisir canal ou néo-canal (un seul dans ce cas). Valider.

Menu de Titus utilisé

Si l'image est tronquée avec une seconde partie décalée de l'autre côté, c'est que l'entête spécifié n'est pas bon. Par tatonnement, il faut recommencer l'opération de définition de l'image (garder le même nom pour l'image traitée) jusqu'à ce que le résultat soit valable.

• 2ème étape: coloration de l'image .img Titus:

 

1- Charger une palette de couleurs:

L'image affichée à l'écran est en nuances de gris. Pour obtenir une image en fausses-couleurs, il suffit, dans un premier temps, de charger une palette de couleurs: les couleurs de la palette remplaceront les nuances de gris précédentes. Les différentes couleurs de l'image pourront être modifiées par différentes méthodes.

• Faire Affichage / Sélectionner palette / choisir une palette de 16 couleurs (arc ou base).
• Faire Affichage / Afficher palette: elle s'affiche en haut de l'écran. Puis charger une image (Image/Choisir une image) et Image/Choisir Canal si ce n'est pas encore fait. Si l'image ne se colore pas, cliquer sur le symbole figurant une paire de lunettes en au de l'écran (Image / Afficher) ce qui actualise l'affichage.
• A ce stade, afin de pouvoir comparer l'image source avec l'image coloré, on peut ouvrir une deuxième fenêtre avec le logiciel de traitement de l'image et avoir, côte à côte l'image source .bmp et l'image Titus.

Menu de Titus utilisé:

Sélection d'une palette	Affichage de l'image avec la palette sélectionnée	Image source

2-Modifier les couleurs de l'image

A) en modifiant la palette de couleurs:

Cette méthode implique que la palette résultante correspondra à l'image traitée (1 image, 1 palette)

• Faire Affichage / Modifier palette: sélectionner la couleur à modifier en cliquant dessus puis modifier la couleur en réglant les 3 curseurs (RVB); quand la couleur convient, faire Modifier. Quand toutes les couleurs sont modifiées, faire Sauver.
• Sauver la palette sous un nouveau nom afin de conserver la palette de départ, sans changement. On peut donner un nom correspondant à l'image traitée à des fins mnémotechniques.

Modification de la palette de couleurs:

B) en définissant des classes dans l'histogramme des pixels:

L'histogramme obtenu par Analyse / Visualiser l'Histogramme représente le nombre de pixels par nuances de gris (256 nuances possibles). On peut définir des classes dans l'histogramme qui correspondront aux différentes teintes de la palette. Cette définition peut se faire selon différents modes (manuel, linéaire, équipopulation).

• Faire Analyse / Découper l'histogramme:
• / Equipopulation : le découpage en classes se fera par divisions du nombre total de pixels en N parties égales (16 si 16 couleurs).
• / Linéaire : le découpage en classes se fera de façon égale sur l'ensemble de l'histogramme.
• / Manuel : le découpage en classe se fait manuellement
  • en déplaçant le curseur sur le début de la première classe souhaitée puis en cliquant sur délimiter,
  • en répétant cette opération pour chaque classe de pixels que l'on veut délimiter.

Découpage de l'histogramme des pixels en zones correspondant à chaque couleur de la palette

• Quelques images obtenues:

Globe Janvier 99, 12 h - longueur d'onde visible	Après traitement Titus par modification de la palette
Globe, juillet 99, 12 h - même palette	Globe, octobre 99, 12 h - même palette

Image d'anaphase de mitose
	- palette arc16 -traitement des classes de pixels (modification manuelle de l'histogramme) afin de visualiser en bleu les acides nucléiques.

Chromosomes de la Drosophile - image originale, retournée	Après traitement - palette arc16 - modification de l'histogramme

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